Het prevalentieonderzoek is opgezet als een puntprevalentiemeting. De gegevens worden idealiter voor het hele ziekenhuis verzameld op één dag. In de praktijk is dit onmogelijk en worden de gegevens vaak verzameld in één maand. Per afdeling worden de gegevens wel verzameld op één dag (registratiedag). Tot en met 2022 werd twee maal per jaar in één maand (maart en oktober) de prevalentie Het aantal gevallen of personen met een bepaalde ziekte op een bepaald moment (punt-prevalentie), ooit in het leven (lifetime prevalentie) of in een bepaalde periode, bijvoorbeeld per jaar (periode-prevalentie), absoluut of relatief. (Het aantal gevallen of personen met een bepaalde ziekte op een bepaald moment (punt-prevalentie), ooit in het leven (lifetime prevalentie) of in een bepaalde periode, bijvoorbeeld per jaar (periode-prevalentie), absoluut of relatief.) van zorginfecties gemeten. Per 2023 kunnen ziekenhuizen alleen nog in maart deelnemen aan het onderzoek. Dit moet resulteren in een sneller inzicht in de jaarcijfers.

• De cijfers gerapporteerd in PREZIES Preventie van Ziekenhuisinfecties door Surveillance (Preventie van Ziekenhuisinfecties door Surveillance) omvatten niet alle ziekenhuizen. In 2025 hebben 19 ziekenhuizen met 22 locaties vrijwillig deelgenomen aan het prevalentieonderzoek. In de periode 2020-2025 deden minder ziekenhuizen mee aan de surveillance dan in eerdere jaren; in 2019 namen nog 30 ziekenhuizen deel (38 locaties).
• Vanaf 2021 worden COVID-19 patiënten meegenomen als ziekenhuisinfectie als ze COVID-19 hebben opgelopen in het ziekenhuis (>8 dagen na opname).
• De aanwezigheid van een postoperatieve wondinfectie (POWI Postoperatieve wondinfecties (Postoperatieve wondinfecties)) is bij dezelfde groep patiënten beoordeeld als waarbij de aanwezigheid van de andere zorginfecties zijn beoordeeld, dus inclusief patiënten die niet zijn geopereerd.
• Met ingang van de jaarrapportage 2021-2025 worden de totaalcijfers gevormd door de som van de vier afzonderlijke zorginfecties (POWI, Sepsis Sepsis is een klinisch syndroom dat gekenmerkt wordt door een algemene ontstekingsreactie van het hele lichaam op een infectie. Het is een zeer ernstige aandoening met een aanzienlijke kans dat de patiënt in korte tijd overlijdt. Vaak wordt het omschreven als bloedvergiftiging.  (Sepsis is een klinisch syndroom dat gekenmerkt wordt door een algemene ontstekingsreactie van het hele lichaam op een infectie. Het is een zeer ernstige aandoening met een aanzienlijke kans dat de patiënt in korte tijd overlijdt. Vaak wordt het omschreven als bloedvergiftiging. )/bacteriëmie, infecties van de onderste luchtwegen en symptomatische urineweginfecties). Voorheen werden ook andere zorginfecties in het totaal meegeteld, maar met het oog op de werklast voor deelnemende ziekenhuizen is de meting vanaf 2025 beperkt tot deze vier hoofdgroepen. Voor oudere jaren is met terugwerkende kracht ook het totaal voor de vier hoofdgroepen berekend.